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在南京处理车辆违章扣分的话，可以去车管所或者当地交警大队。具体有几种方式：

1. 直接到车辆归属地的交警队或车管所窗口办理，或者去违章发生地的交警队也能处理；

2. 如果驾照和车辆是绑定状态，现在用手机就能搞定。打开"交管12123"APP自己操作就行；

3. 大部分自助服务机也能自助处理，但前提是你驾照有足够的分数可用，这点要记牢。

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处理南京的车辆违章，有几种办法：第一，去当地交警队或车管所现场办；第二，找交警部门设置的自助处理机操作；第三，用电脑登录“交通安全综合服务管理平台”网上办；第四，直接在手机上打开“交管12123”APP处理。选哪个都行，方便哪个用哪个就行。记得处理的时候要带好驾驶证和行驶证，电子版也能用，按照提示一步步来就行。要是扣分罚款都清楚，直接在线支付就搞定了。注意违章类型不同可能需要不同流程，遇到不懂的可以直接去交警队问清楚再操作。现在网上渠道比较方便，不用专门请假跑腿，晚上在家都能弄完。要是扣分多或者有异议，建议还是去现场核实清楚。处理完记得查一下处理记录，确保没问题。总之方法多，选最顺手的就行。

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处理的话，你可以直接去当地交警队办理，或者下载“我的南京”或者“南京公安”这两个APP，在手机上就能搞定，不用非得跑腿。网上操作的话，步骤也不复杂，按照提示一步步来就行。