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客车超载两人的处理：1、开营运客车超核定人数20%以上的，直接扣12分；要是营运客车超员不到20%，或者开非营运车超员20%以上的，扣6分；普通私家车超员不到20%的，扣3分；2、举个例子，一辆5座小轿车多坐一个人，就直接扣6分；3、5座车坐6个人算超员20%，会被处罚。因为车内安全设施比如安全气囊都是按5个人设计的，比如抱着孩子坐副驾，气囊可能不弹出或者弹出后起不到保护作用，万一出事伤亡风险更高。

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超载两人也要看车核载多少人。根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条，公路客运车如果坐的人比核定人数多，就要被罚200到500元；如果超了核定人数的20%以上，或者违规拉货，罚款就涨到500到2000元。

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如果是5座车超了1个乘客，会被罚200元扣3分；如果超了超过1个，也就是超到6人及以上，同样罚200元但扣2分。新规对营运车辆、校车这些重点车型的超员行为加强了处罚力度。比如开营运客车（比如大巴、中巴），如果超的人数超过核定人数的20%，直接扣12分；如果没超过20%但有超员，或者开私家车超员超过20%，就扣6分。如果是开私家车这种非营运车辆，超的人数还没到20%，比如一辆5座的小轿车多坐1个人，刚好超了20%（因为5座车核载5人，超1人就是20%），这时候就会直接扣6分。