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以下是机动车合格证编号查询的方式：1、车辆合格证：车辆合格证随车辆出厂，在车辆办理牌照登记时需交车管所存档，更换机动车登记证；2、发动机号：车辆经销商将在车辆结算中进行车管所查询，有一个发动机号，可以比较出厂时与车辆记录和行驶证上的发动机号是否一致，车辆所属车管所还会有该车辆登记时候的拓印；3、车管所网站：可以到车管所网站来查询车辆的合格证编号。