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手自一体变速箱和AT变速箱不是一种东西，它们的区别主要在这两方面：

1、概念不同：手自一体变速箱是能同时手动换挡和自动换挡的变速器，相当于把手动和自动的功能合二为一。而AT变速箱全称液力自动变速箱，是常见的自动变速箱类型之一，其他自动挡还有CVT（无级变速）、AMT（机械自动挡）和双离合这些。

2、结构不同：手自一体变速箱主要是普通齿轮箱（和手动挡的结构一样）加上电子控制的离合器、自动换挡机构和电子控制系统。而AT变速箱靠液力传动和行星齿轮组来换挡，主要部件包括液力变矩器（类似连接发动机和变速箱的“软连接”）、行星齿轮机构、换挡执行器、控制系统以及操作机构。