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C1驾驶证扣3分没有关系。 根据公安部123号令 ，机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。 驾驶人在十五日内必须参加七天的理论学习。 然后在二十日内参加科目一的考试，考试合格，记分予以清除，发还机动车驾驶证。 考试不合格的，继续参加学习和考试。 拒不参加学习，也不接受考试的，停止使用驾驶证。 非实习期驾驶证违章扣满了12分，只要考科目一就可以了。 处在实习期内的驾驶人，如扣满12分或12分以上，则会被注销驾照，重新报考驾校。

其实来讲，这只能算是基础扣分了，因为开车上路难免有时候会出现些意料之外的事情，被扣分后老老实实去到当地交管所把罚款交了，一年以后扣分清零，如果没有缴纳罚款的话，那么所扣分将计入下一个周期，所以不要抱着无所谓的态度，扣分罚款没有处理，也会影响年审不通过。