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换发动机总成一般不会影响车辆正常使用，但得按流程来。注意事项有这些：1、换之前必须先申请。每辆车的发动机都有独一无二的编号（VIN），要和车架号对应上；2、申请通过后才能动手换，换完得去车管所或者他们指定的地方重新刻发动机号并拓印；3、拿着拓印件去补办相关手续，如果发动机号变了还要重新办证件；4、维修厂必须是4S店或授权服务站，开的证明要盖公章才有效；5、不同地方的具体要求可能不一样，具体得按当地车管所的规定来执行。

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拆装时换上的密封圈、螺丝这些配件，质量普遍比原车的差。很多零件都是一次性的，就算全换了，新零件也赶不上原车的水平。原厂给新车装的零件都是挑最好的，而维修用的配件质量就差不少，都是些次一级的批次。所以给新车换发动机绝对是个大手术，不仅影响性能，还伤车子寿命，以后用着说不定还会冒出各种问题。

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如果只是换个发动机总成，而且新发动机本身没问题，修车师傅操作也没出错的话，一般不会出其他毛病。不过车毕竟是由很多机械部件组成的，这种情况只能这么分析，但没法完全打包票保证万无一失。