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高速公路过路费发票的增值税抵扣是这样算的：

1、过路费能抵扣的增值税金额等于发票上写的金额除以1.03，再乘以3%；

2、过路费发票的作用主要是帮公司省钱。因为发票能证明公司花了这笔钱，报销时可以算作成本支出，这样公司的利润就会少一些。利润少，交的企业所得税也就跟着减少啦；

3、现在高速过路费不能直接开增值税专用发票，但拿着普通发票也能按规则计算抵扣税款。

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高速公路过路费能抵扣的增值税计算方式是：发票上的金额除以1.03，再乘以3%。一级公路、二级公路、桥梁和闸口的过路费抵扣方式则是用发票金额除以1.05，再乘以5%。这里说的通行费，指的是那些合法设立并收取的过路过桥过闸费用。

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一般纳税人收试点前开工的一级公路、二级公路、桥、闸的通行费时，可以选择用简易计税方法。这种情况下，增值税按5%的征收率来算。简单说就是，如果你是这类项目的老工程（试点前开工的），收通行费时可以选5%的简易税率，不用按常规税率计算。这个政策主要是为了减轻老项目的税负压力，让企业更灵活地处理税务问题。注意这里只针对试点前开工的公路、桥梁、闸口这些基础设施的通行费收入。选简易计税后，发票开具和账务处理都要按5%的征收率来操作，不能混用其他税率。政策细节要结合当地税务局的具体执行要求来把握。