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科目三考试闯红灯不会被扣分，但是会不及格。因为学员是新手，没有驾照，所以不能扣分。根据《道路交通安全违章评分法》的规定，驾驶机动车违反交通信号灯通行的，一次扣6分。并罚款200元。

在被认定为闯红灯之前，需要拍摄三张闯红灯的照片：车辆在红灯下停车线上的照片、车辆在红灯下穿越停车线的照片、车辆在红灯下继续在停车线上行驶的照片。

如果红灯时前轮刚好越过停车线，但车辆立即停车，交警部门不会处罚。但如果车辆在红灯时停车前已经完全越过停止线，就属于违章，要受到处罚。