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新车落完户后合格证会被收回。

工管所存档：

一般情况下，合格证就会被工管所收去进行存档，交于车主手里的是副本，但不同地区情况不同，也存在交回原本的情况。同时少数4s店并不会将副本交回车主手中。

新车上牌照后：

合格证原件放在车管所。新车上牌照后，会发给行驶证，原件放在车管所。

新车落户车管所留存的材料有：

购车发票第4联、购置税副本、交强险副本、身份证复印件、合格证原件。这些作为车辆档案在车管所保存。