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摩托车违章会扣C1驾照的分。具体原因有两点：1、如果你的驾照是C1和摩托车驾照合并在一起的，那扣分肯定算在C1上。2、如果分开的，你单独有摩托车驾照的话，违章就扣摩托车驾照的分。这时候要注意，只要摩托车驾照没注销，就不能去考C照或B照的，必须先把摩托车驾照注销了才能报考汽车驾照。关于摩托车驾照的说明：1、摩托车驾照分D、E、F三种类型。2、考驾照的时候，摩托车分两轮和三轮两种类型。除了可以直接考两轮或三轮摩托车的新手照外，已经有驾照的人还可以选择增驾两轮或三轮摩托车。