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摩托车改短尾是不合法的。因为改短尾已经改变了摩托车的外观，与行车证照片已经不相符。未经交警车管部门许可的改装属于非法改装。非法改装是不合法的，在十天内未办理变更手续的，会被处警告或者200元以下罚款。

关于机动车非法改装的有关规定 :

一、《机动车登记规定》第十条，已注册登记的机动车需要改变使用性质、车身颜色、车身或车架等，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请变更登记。

二、《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条，第一项规定任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。

未经公安交通管理部门允许，擅自改装机动车底盘、发动机、悬挂、变速系统、方向系统、车胎轮毂、车灯、车身颜色喷涂和外观结构，以及机动车的有关技术数据与国务院机动车产品主管部门公告数据不符的都属于改装行为。