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闯红灯扣分在计分周期结束之后，处理完违章并缴纳罚款后，记分才会清零。根据《机动车驾驶证申领和使用规定》：1、对驾驶人的交通违法行为，处罚和记分必须同时执行。如果一次有多个违法行为要扣分，就分别计算然后累加分数。2、驾驶人对处罚有异议，申请复议或诉讼后，如果裁决变更或撤销原处罚，相应的扣分也会调整或取消。3、在一个记分周期内，如果总分没到12分，且罚款已经缴清，记分就会清除。如果罚款没交，扣分就会带到下一个周期。