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在应急车道行驶的处罚是扣6分，罚款200元。驾驶机动车违反规定在高速公路、城市快速路违法占用应急车道行驶或停车的处200元罚款，并记6分。以下是相关法律法规：机动车在高速公路行驶时，非紧急情况不得在应急车道行驶，法律依据为：1、《道路交通安全违法行为记分分值》第二条第一款第七项驾驶营运客车以外的机动车在高速公路车道内停车，一次记6分。2、《道路交通安全法》第九十条机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的情况，依照规定处罚。