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行驶证被扣违章处理分以下两种情况：

1、未扣满12分的，本人拿着违章回执单、身份证、驾驶证，去去违法地车管所处理，扣留机动车驾驶证的期限至作出处罚决定为止，并开具行政强制措施凭证，处理完后就可以领取行驶证。

2、已扣满12分的，将会暂扣驾驶证，需要重新学习科目一，考试通过后取回驾驶证，再带上驾驶证、身份证、行驶证被扣凭证到车管所领回行驶证即可。

根据《中华人民共和国交通违章处罚条例》第十八条，对当事人处以罚款的，应当告知当事人自收到处罚决定书之日起十五日内，到指定的代收机构缴纳罚款。当事人逾期缴纳罚款的，每日按罚款数额的百分之三加处罚款。

违章是属于违反了交通法，只要一旦被查到违章那么就会要进行处罚，但如果行驶证被扣了，那么就要到相关的部门进行办理缴纳，等扣留的期限满了之后才会归还行驶证。