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发现神行变速箱换挡顿挫的原因主要有电磁阀故障、阀体堵塞、活塞回位不良这几个问题。具体来说：

1. 电磁阀问题：变速箱里的电磁阀有个小阀芯，靠电流驱动工作。就跟水管阀门差不多，如果这个阀芯运作不顺畅，就会导致油压调节不稳定，换挡时力量分配不均，产生顿挫感。

2. 车机学习功能：车子自带的驾驶习惯学习系统偶尔也会引发顿挫，但这种情况很少见。遇到这种问题，清除一下电脑里的学习记录通常就能解决。

3. 阀体堵塞：变速箱阀体对清洁度要求特别高，哪怕是一点点铁屑或杂质掉进去，都会影响内部换挡阀的顺畅运作，进而造成顿挫。

4. 活塞回位问题：变速箱内部的活塞如果回位不顺畅，就像弹簧生锈卡住了一样，换挡时动力传递就会出现卡顿现象。

最后要说明的是，这些问题需要去4S店用专用设备检测，自己很难判断具体是哪个部件出问题，千万别自己随便拆卸。