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科三加减档扣100的原因有以下几点：

1、车辆在行驶中低头看档或者连续两次挂档不进。

2、换挡过程中造成空档滑行。

3、未按指令平稳加、减档。

4、视线离开驾驶方向超过2秒。

5、档位与车速不匹配。换挡时离合器踏板没有踩到底，这时换上一级挡位，速度提高后，因为系统没检测到换挡信号，认为还在下一级挡位，同样速度不匹配，自然也会扣分。

科三加减档扣分详情：

对于《机动车驾驶人考试内容和方法》所显示扣100分的情形有以上几点，但在实际考试的过程中还有很多细微的地方会导致直接挂科。比方说在换挡的过程中发生蹭档、挂错档等，由于电子系统反应迟，没有及时提示就会导致学员认为已经完成了加减档，进而因为蹭档或者挂错档而挂科。

另外，在百米加减档的最后一步，降到二档时退档往往需要在空挡停留0.5秒左右。很多学员就因为操作太快没有被系统检测到，以至于科目三挂科。

除此之外，很多地区还会因为换挡不及时、方向盘角度、油离配合等问题会产生驾驶姿势不正确进而扣分的情况，一旦被扣次，那么科目三也就结束了。