马自达阿特兹的手动换挡模式可挂入S档后通过上下拨动档位进行加减档位。手自一体变速器的手动升挡操作和手动变速箱是一个道理，即根据发动机的转速，来决定升挡时机；手动模式下，当车辆刹车或减速时，变速器是会自动减挡的，驾驶员并不需要手动减挡，除非遇上需要强行减挡的情况（比如提速超车等）。更重要的是，在手动模式下驾驶，安全系数会比自动模式时更高。

阿特兹在安全性能上也有所提升，新车车身高强度钢板的使用比例达60%，前后防撞梁强度达1800Mpa；其高刚性轻量化车身的整体强度提升了30%，而同时重量减轻了8%。另据测试结果显示，时速100公里时阿特兹的最短刹车距离仅为37米，大大提高了驾乘安全性。