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高速公路过路费发票，增值税按以下公式计算抵扣：

1、高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷（1+3%）×3%；

2、高速公路过路费发票的作用：当作企业的费用支出，用报销凭证对发票汇总统计，可以用来抵公司的利润的，因为所得税就是根据利润来交税的，所以也可以理解为发票是可以抵减利润的；

3、一般纳税人收取试点前开工的一级公路、二级公路、桥、闸通行费，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算缴纳增值税。

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公路通行费从2018年1月1日起凭通行费电子发票在增值税发票选择确认平台勾选抵扣增值税，但现阶段仍有非电子发票抵扣的情况；根据规定，高速公路非电子发票计算抵扣时限为2018年6月30日，一级、二级公路非电子发票计算抵扣时限为2018年12月31日。在上述时限之前，使用现金交费的纳税人也可以计算抵扣增值税，之后，因无法取得电子发票，现金交通行费将无法抵扣。

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根据财税「2016」86号：增值税一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票（不含财政票据，下同）上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷（1+3%）×3%。