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细胞器的分离主要靠离心技术。具体用到两种方法：1、差速离心（differential centrifugation）。简单说就是在密度均匀的液体里，从低速到高速一步步离心，这样能分出不同大小的细胞和细胞器；2、差速离心时细胞器的沉淀顺序是：先核，接着线粒体，然后溶酶体和过氧化物酶体，再是内质网和高尔基体，最后才会沉降核糖体；3、因为不同细胞器的大小和密度有重叠，而且小颗粒容易被大颗粒拖到沉淀里，所以一般重复2-3次效果更好；4、差速离心主要适合分离大小差异大的细胞或细胞器，但实际更多用来分细胞器。通过差速离心能初步分开细胞器，但要得到更高纯度的样本，通常还需要配合密度梯度离心再进一步纯化。

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细胞器分离：提取某种生物大分子时，通常得先挑出细胞里的特定部位当材料；或者为了纯化某个细胞器表面的特定大分子，一般得先把细胞搅碎，再把里面的东西分门别类，这样能减少干扰，这对搞高纯度、难提取的生物大分子来说很关键。分离细胞器最常用的是差速离心法，原理就是细胞各部分重量不同，用离心机转的时候会分层沉到不同位置，这样就能把想要的组分挑出来。分好的细胞器纯度检测可以用电镜看形态、免疫学方法或者测标志酶活性这些手段。

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密度梯度离心（density gradient centrifugation）其实是个分离细胞的技巧。简单说就是把某种溶液放进离心管里，让它自己分层形成密度不同的梯度带，然后把搅碎的细胞或者细胞悬液倒到最上面。接下来开动离心机，靠离心力让细胞根据自身密度往下沉。这个过程分两种模式：一种是看细胞下沉的速度来分层，另一种是让细胞一直沉到和自己密度差不多的溶液层里待着不动。常用的溶液有氯化铯、蔗糖和多聚蔗糖这几种。不过要是分离活细胞的话，选溶液得注意四点：第一，溶液密度高的时候黏度不能太高；第二，酸碱度要是中性的或者能调成中性的；第三，浓度高的时候渗透压不能太高，不然细胞会被吸水肿胀死；第四，溶液本身不能有毒性，不能伤害细胞。

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差速离心其实挺简单的，就是通过慢慢调高转速把细胞器分大小挑出来。一开始转得慢，大块头的细胞器先沉下去，小颗粒还浮在液体上层。把沉底的大块头先捞出来，剩下的液体拿去开快档离心，这时候小一点的也沉下来，就这么反复，最后把不同大小的细胞器都分开了。