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新车辆合格证原件要抵押在车管所原因是作为车辆档案在车管所保存。

关于车辆合格证：

车辆合格证，是机动车生产企业印制并随车发送的证明车辆合格的法定文件。通俗的说，车辆合格证就是车辆的“身份证”，新车无证相当于“黑户”。同时，该证还是车辆上牌和购买保险的有效凭证，没有合格证就不能正常上牌，部分险种也不能生效。

车辆合格证用处：

汽车注册登记、上牌、上路、投保、转让、注销，都要用到车辆合格证。合格证是汽车另一个重要的凭证，也是汽车上户时必备的证件。只有具有合格证的汽车才符合国家对机动车装备质量及有关标准的要求。无合格证或是合格证不能及时拿到，所属车辆就是一辆黑户车，是不允许在道路上行驶。