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AT和手动挡（MT）的区别主要在变速箱类型、结构、操作方式以及反应速度上。具体来说：

1. 变速箱类型不同：手动挡用的是手动变速箱，而自动挡（AT）用的是自动变速箱。

2. 结构和原理不同：手动挡的变速箱主要靠齿轮和轴的组合来变速，驾驶员需要自己控制离合器和换挡。自动挡的变速箱结构复杂，里面有液力变扭器、行星齿轮组和液压系统，通过液体传递动力和齿轮组合来变速，操作完全交给机器完成。

3. 操作方式不同：开AT车不需要踩离合器，换挡时只需要拨到D挡然后控制油门就行，换挡过程平顺但操作选项少。手动挡需要驾驶员自己控制离合器和挡位，根据车速频繁加减挡，操作起来更复杂但可控性更高。

4. 反应速度差异：AT变速箱对速度变化的响应比手动挡慢，比如突然加速或减速时，手动挡的反应会更灵敏，能更快匹配合适挡位。自动挡虽然操作简单，但换挡时的动力衔接会稍微滞后一点。

简单来说，AT省心但不够直接，MT需要手动操作但能更精准控制动力输出。选哪个主要看个人习惯和需求。