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机动车驾驶证被依法扣押不能申请补发。驾驶证被公安交管部门扣押、扣留或者暂扣，说明驾驶人实施了违反道路交通安全法律、法规的行为（如饮酒驾车、醉酒驾车、事故逃逸等），此类违法行为都是较为严重的。

根据《机动车驾驶证申领和使用规定》机动车驾驶人有下列行为之一的，由公安机关交通管理部门处二百元以上五百元以下罚款：

1、机动车驾驶证被依法扣押、扣留或者暂扣期间，采用隐瞒、欺骗手段补领机动车驾驶证的；

2、机动车驾驶人身体条件发生变化不适合驾驶机动车，仍驾驶机动车的；

3、逾期不参加审验仍驾驶机动车的。

有第一款第一项、第二项规定情形之一的，由公安机关交通管理部门收回机动车驾驶证。