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当发动机完全进水、维修成本过高、发动机相关号码被恶意更改时需要更换发动机。

具体情况如下：

1、发动机完全进水：水由进气歧管进入气缸，活塞运动行程将会变短从而导致发动机连杆弯曲或断裂，极端条件下会造成断裂连杆飞出击穿缸体。如果重新启动发动机容易爆缸。

2、维修成本过高：维修成本高于或接近更换成本。

3、发动机相关号码被恶意更改：车辆被盗后，经不正常途径损毁相关号码的，可以提出申请更换或恢复发动机相关号码。此时应当凭有关技术鉴定证明办理或变更备案。同时，磨损、锈蚀、事故等原因辨认不清或者损坏的，也可以申请备案。

更换发动机最好是处于三包范围之内，这种情况由品牌代理商具备资质的售后部门提起，然后厂方售后审核。如果具备条件可以更换发动机。这种情况下换发动机是最简单的，不用到相关职能部门报备（这种情况发动机型号以及号码不会改变）。

正常更换发动机后，应该在更换10日内向车管所提起变更申请。这时要注意，发动机的品牌，型号不得变更，同时变更发动机后不得对车辆本身外形及其技术参数有改变。换发动机后没有登记的车辆是一定通不过年审的。想要顺利通过年审，就在工作日开车去车管所变更发动机号码。

《机动车登记规定》第十六条，已注册登记的机动车有下列情形之一的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请变更登记：

（一）改变车身颜色的；

（二）更换发动机的；

（三）更换车身或者车架的；

（四）因质量问题更换整车的；

（五）机动车登记的使用性质改变的；

（六）机动车所有人的住所迁出、迁入车辆管理所管辖区域的。

属于第一款第一项至第三项规定的变更事项的，机动车所有人应当在变更后十日内向车辆管理所申请变更登记。