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机动车发票总共有六联。按照国税总局发布的《关于使用新版机动车销售统一发票有关问题的通知》（国税函2006479号）要求，现在使用的《机动车销售统一发票》都是通过系统开具的六联票据。具体来说，第一联是发票联，主要给购买方作为付款证明；第二联叫抵扣联，是购买方用来抵扣税款的凭证；第三联为报税联，需要交给车辆购置税征收部门存档；第四联是注册登记联，办理车辆上牌手续时要交给车管所；第五联记账联，由销售方自己留着记账用；第六联存根联，也是销售方留存备查的。

这里有个特殊情况需要注意：如果购买方不具备一般纳税人资格，那么第二联抵扣联就不会交给他们，而是由销售方统一保管起来。