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车辆过户协议是有效的。具体来说：

1. 根据《侵权责任法》第五十条，如果车辆已经通过买卖方式转让并实际交付给新车主，即使没办理过户手续，一旦发生交通事故且责任在该车一方；

2. 先由保险公司用交强险赔偿，不够的部分由新车主来承担；

3. 赔偿责任最终以交警的事故责任认定书为准，但新车主需要提供证据证明自己是实际车主；

所以协议本身没问题，但不过户的话以后可能会有所有权归属的纠纷，建议尽早去车管所办理过户手续。