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保险公司应当赔偿。理由如下：

1、投保车辆在保险期限内发生交通事故，承保的保险公司应当依照《机动车交通事故责任强制保险条例》和《中华人民共和国保险法》的相关规定，承担理赔责任；

2、车辆改色与本次交通事故的发生并没有直接的因果关系，对于本次交通事故的发生并没有直接的过错，保险公司以你的车辆存在改色为由拒绝赔偿，没有法律根据，保险公司应当在保险范围内承担赔偿责任；

3、机动车在保险合同有效期内发生改装、使用性质改变等导致危险程度增加的情形，应当通知保险公司。但车辆改色并不会增加危险，故发生交通事故后，当事人请求保险公司在责任限额范围内予以赔偿的，人民法院应予支持。

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如果车辆改色是经过车管所审批的，那么保险公司会按照行车本上的最新车颜色进行喷漆的。如果没审批，保险公司可以喷原来的颜色，也可以喷现在的，如果喷改了以后的颜色，自己承担喷漆差价。车身贴膜如何理赔，要看买保险的时候有没有买新增设备险，如果没有的话，保险公司不会给赔的。

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需要做变更登记。新的道路交通安全法已经修改了，车身改色问题，在变更颜色前无需向交管部门申请，车身改色以后直接去交管部门做变更处理就可以了。保险公司应该可以理赔，在你改色之后，去交管部门变更，并将新的行车本及变更证明拿到保险公司做批单修改就可以了。需要注意的是，必须到保险公司变更，否是出险是拒赔的。