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发动机故障灯闪、车子发抖的原因可能是这些：1、发动机抖动可能是因为之前涉水太深了，尾气排气口被水淹到影响了排气。不过当时你没熄火的话，发动机应该没进水，你要是及时熄火的话，发动机应该没问题；2、要是担心的话，可以自己打开引擎盖，拆开空气滤芯器，检查空气滤芯有没有湿。要是干的就说明没进水，车子能放心开；3、如果滤芯湿了就换个新的，再看看进气道有没有水珠或者湿润的情况。要是没有的话就没事。

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发动机进气可能会带点水汽，你先看看空气滤芯有没有问题。车子过水的时候排气管容易堵，导致排气不顺畅，这样就会让油多气少，燃烧不充分（可能是单个气缸或多个气缸）。根据你的描述，八成是排气不畅引起的，建议去4S店重点检查尾气处理系统。