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过境车辆禁止通行的意思就是：1、过境车辆指的是外地经过本地的车，比如从北京到广东的车经过南京，对南京来说北京的车就是过境车。2、交管部门为了保证本地交通顺畅，会限制这些过境车辆的行驶路线和时间。3、举个例子，从北京到广东的车经过南京时，南京交警可能会规定它们只能走高速或者避开早晚高峰，避免堵住市区道路。

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简单来说就是本地车辆能正常通行，外地车不让过。过境运输指的是别国在运输客货时，需要经过我国领土再运到另一个国家。国际联运协定里一般都有过境运输的规定，比如运费标准和手续流程这些。加入联运协定的国家之间，可以直接按协定来搞过境运输。如果要往没加入国际联运协定的国家运货，得提前单独签合同。要是用大陆桥运输这种过境方式，必须先签订联运协定才能实施。