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支付宝年检有违章可以处理的：

1、支付宝里能处理的都是不扣分的直接罚款的违章行为，扣分的违章需要去交警队进行确认违章，扣分后才能缴费的；

2、驾驶员开车发生交通违章是在所难免的，当出现违章后，车主就要及时查询交通违章记录，了解自己的违章详情，另外还要在规定时间内及时处理；

3、一般情况，车主违章后会接到罚单或者罚单短信，车主接到罚单后，在当地交通网站进行查询和确认后，带上车辆行驶证和驾驶证，到当地交警队确认违章，扣分结束后，可以在支付宝等网站缴纳违章罚款或者到指定银行缴纳违章罚款。

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现在可以在支付宝上直接扣分，交罚款，违章处理了才能年检。《中华人民共和国道路交通安全法修正案（送审稿）》规定：对经检验符合机动车国家安全技术标准，且机动车没有未处理的交通事故和道路交通安全违法行为记录的。

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支付宝好像不能扣分的，如果是现场被交警查到并确认签字的，那车主需要在违章后的15日内去违章当地的交警队接受处理，超过15天没有去接受处理的，每天需要交纳3%的滞纳金，但滞纳金金额不会超过原罚款数额的一倍。