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摩托车发动机进水会导致燃油供给系统故障；电路控制系统故障；点火开关故障。

具体后果如下：

1、燃油供给系统故障：在正常行驶中，突然加不上油，而且行驶速度较匀称地缓慢下降，随之发动机自行熄火。

2、电路控制系统故障：当车辆正常行驶时，车辆的行驶速度突然骤降，而且伴有明显的顿挫感觉，随之发动机自行熄火。

3、点火开关故障：点火开关进水会产生起动困难，严重时会烧坏点火器及点火线圈，而把手处开关进水会使控制开关触点短路，从而使灯光电路无法正常开启。