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科目二补考费没交有影响。有些地方是必须要到科三约考试之前补齐科二的补考费才能预约下一科目，有些地方要等到科目四考完之后，在车管所取证时补齐之前驾照考试过程中所有的费用，不补齐之前欠缺的费用，车管所不颁发驾驶证。

正常情况下车管所或者驾校在考完试前会通知缴纳补考费，否则最后成绩无效。目前全国大部分地方的驾考部门实行的是先缴费再考试的政策，也就是说，如果你没有在考试前按时缴纳考试费，那么最后是不能进入考场考试的。由于现在全国大部分考场采用人脸识别或者刷身份证的方式进场，所以如果没有缴费是不会让你进入考场的。

此时考场工作人员会安排你进行现场缴费，这样就能顺利参加科二考试了。