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自动启停系统并不会伤害发动机，原因如下：

1、一是现在有启停配置的发动机和启停系统的寿命次数次数大概能有几十万次，基本能跟我们汽车的同寿命；

2、二是启停功能只是把发动机停止工作，但是机油系统并没有停止，也就是虽然发动机不转动了，但是机油还是会在发动机内部产生流动，这样就能让汽车再次启动的时候，提前有更好的润滑，还能保护发动机；

3、自动启停指车辆在临时停车时，发动机会自动熄火；当车辆需要继续前进的时候，发动机会自动重启的一套系统。简单的说就是一套可以自动控制发动机熄火和点火的系统，简称STT。一般车上都是默认开启的，不需要时也可以将它关闭。

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一般不会对发动机有影响的，自动启停的缺点显而易见，自动启停技术最初的设计目的就是为了省油，自动启停功能开启后，车辆在短暂停车的过程中，发动机处于“休眠”状态，皮带轮停止转动，同时尽量降低发动机怠速空转的过程。而发动机熄火后用车载电源取代发动机皮带轮，来保持车载风扇的运行。据专业机构测算，有自动启停功能的车辆，在实际的使用过程中节油率可以达到十分之一以上，现在人们都十分重视的CO2排放量，也将减少许多。

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有影响的，在坡道上临时停车，启停系统起动较慢，容易在松开刹车时，发生车辆滑动导致危险发生。大部分带有启停系统的车在发动机熄灭时，空调只会送风并不会制冷，大大影响乘坐舒适性。车辆涉水过程中停下，发动机熄火，此时排气压力突然减少。水很容易从排气管倒流进入发动机内，导致发动机无法启动。