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公司车辆登记证书丢失补办的方法如下：

1、公司代理人携带所需资料，开车到车辆注册地车管所及各服务站办理；

2、车辆通过专门的查验通道，直接到查验点，开始查验车辆；

3、车管所工作人员对车辆进行查验，查验完成后，车主到查验服务处确认信息；

4、接着车主到业务大厅导办服务台办理手续，排队等待办理；

5、办理手续后，在等候区等待叫号办理业务，然后到对应窗口进行办理；

6、携带受理凭证到收费窗口交费；

7、车主到取证窗口打印机动车登记证书，补办完成。