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摩托车证和C1合并到一个驾照后，扣分都是按同一套规则来算的。具体来说，就是根据你开车时违反交通法规的严重程度，分别扣1分、3分、6分或者12分。以下是关键点：

1、法律依据：根据《机动车驾驶证申领和使用规定》第六十五条，记分周期是12个月，满分12分，从你第一次拿驾照那天开始算。一次违法会被扣12分、6分、3分、2分或1分这五档。

2、处理措施：如果一个记分周期内扣满12分，交警会收走驾照，然后组织你学习交通法规，重新考试。考试过了才能拿回驾照。这种处理对摩托车和汽车违法都适用，因为现在都是同一个本子上的分了。