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手自一体和双离合变速箱的区别主要在这几个方面：

结构设计不一样：手自一体是把手动和自动模式整合到一个变速箱里；双离合则是两套手动变速机构共存，一套控制奇数挡，另一套控制偶数挡。

分类归属不同：手自一体属于非传统机械结构；双离合则归类于传统传动机构。

挡位设置也不同：手自一体的挡位有N（空挡）、P（停车）、D（前进），部分车型还有S（运动模式）、L（低速挡）；而双离合的挡位分1、2、3、4、5、6挡，其中1、3、5挡由离合器1控制，2、4、6挡则由离合器2控制。