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新车合格证编号在车身登记证书第一页的右上角位置。合格证编号的查询方法及注意事项如下：

合格证编号的查询方法：

车主在提车时可以向4s店的工作人员索要随车出厂的车辆合格证，在证书上就可以查看车辆合格证的编号。但如果车主是在上交了车辆合格证后想查看车辆合格证编号，可以咨询一下汽车经销商，能否在车辆登记的车管所，根据发动机号来查询得知车辆合格证编号。

取得合格证编号的注意事项：

车辆合格证在车主给新车上牌登记时，需要上交给车管所保留，因此在上牌后，车主是换回机动车登记证书，而没有车辆合格证。