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当摩托车被扣了，但是车主又不想要，还是要去处理相关违章。机动车驾驶人、车主、管理者应当在30天内带齐机动车的合法手续，身份证、机动车暂扣凭证等材料到车辆管理所申请领取机动车。

如果违章一直搁置不处理，以后办理下机动车上牌以及学习其他驾驶证业务都会受到相关限制，也会影响驾驶证的审核以及机动车的审核。而且还会产生滞纳金，如果没有在规定的时间内，去交管部门进行违章处理，每天会以本金的百分之三加收滞纳金，最后不超过本金，也就是最高罚缴双倍罚金。仍旧不处理的，交警可申请法院仲裁强制执行。

根据《中华人民共和国道路交通安全法》规定：公安机关交通管理部门扣留机动车、非机动车，应当当场出具凭证，并告知当事人在规定期限内到公安机关交通管理部门接受处理。公安机关交通管理部门对被扣留的车辆应当妥善保管，不得使用。逾期不来接受处理，并且经公告三个月仍不来接受处理的，对扣留的车辆依法处理。