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科目三补考费不可以在12123交。

判断的依据：

申请人申请机动车驾驶证考试不合格的需要缴纳补考费，补考费不能在交专管网12123上面缴纳，属补考费可以由驾校代缴或者是申请人自己到车管所直接缴纳。

科三交补考费的注意事项：

科目三交补考费的时候带着身份证即可。依据《机动车驾驶证申领和使用规定》每个科目都有一次免费补考的机会，第二次补考才会收取一定的费用。