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摩托车顶杆机和链条机主要区别在结构设计和动力输出上。具体来说：

结构方面：链条机在同样的行程下能跑得更快、动力更强。而顶杆机本身不适合高转速工况，为了避免高转速带来的问题，它在中低转速区间（日常使用场景）的扭力更大。

功率输出方面：链条机提升动力最直接的办法就是调整气缸直径和活塞行程长度，顶杆机在这方面就比不过链条机。链条机通常更侧重高速动力输出（比如在不改变排量的情况下，把气缸直径调大、行程缩短，这样更容易提高转速）。